新生儿没有上户口不可以交农村合作医疗。
新生孩子上户口流程：
1、婴儿《出生医学证明》（复印件1份，验原件）；
2、父母结婚证、身份证、户口簿（复印件各1份，验原件）；
3、拟入户地街道计划生育工作机构出具的计划生育证明（原件1份）；
4、内生育一孩的，提供母亲的计划生育服务证；内生育二孩的，提供二孩生育审批表（复印件1份，验原件）；
5、超过一个月申报，提交婴儿未随户口在外市县父或母一方入户的证明（原件1份）。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
《中华人民共和国户口登记条例》第七条
婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。
第十条
公民迁出本户口管辖区，由本人或者户主在迁出前向户口登记机关申报迁出登记，领取迁移证件，注销户口。公民由农村迁往城市，必须持有城市劳动部门的录用证明，学校的录取证明，或者城市户口登记机关的准予迁入的证明，向常住地户口登记机关申请办理迁出手续。公民迁往边防地区，必须经过常住地县、市、市辖区机关批准。
