在当地水务局。
流程如下：
第一步：申请人持申请资料向市政务服务中心市水务局窗口提交取水申请，窗口工作人员初审后受理。
第二步：市水务局安排人员现场勘查，核准凿井数、取水时段和取水量。
第三步：承诺时限内，经审查符合法定要求的，依法作出准予许可的书面决定，并核发《取水许可证》。
取水许可权限属于流域管理机构的，应当向取水口所在地的省、自治区、直辖市水行政主管部门提出申请。省、自治区、直辖市水行政主管部门，应当自收到申请之日起20个工作日内提出意见。
并连同全部申请材料转报流域管理机构；流域管理机构收到后，应当依照本条例第十三条的规定作出处理。建设项目需要取水的，申请人还应当提交由具备建设项目水资源论证资质的单位编制的建设项目水资源论证报告书。论证报告书应当包括取水水源、用水合理性以及对生态与环境的影响等内容。
法律依据
《中华人民共和国水法》 第四十 直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权。但是，家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水的除外。实施取水许可制度和征收管理水资源费的具体办法，由规定。
《取水许可和水资源费征收管理条例》第十条__申请取水的单位或者个人（以下简称申请人），应当向具有审批权限的审批机关提出申请。申请利用多种水源，且各种水源的取水许可审批机关不同的，应当向其中最高一级审批机关提出申请。
取水许可权限属于流域管理机构的，应当向取水口所在地的省、自治区、直辖市水行政主管部门提出申请。
