1、短段木栽培灵芝当菌盖不再增大，盖面色泽同菌柄，盖边缘有同盖色泽一致的卷边圈，有褐色孢子飞散，盖背面色泽一致时便可采收。从芝蕾出现到采收一般要40～45天。采收时可用剪子或手将芝体从菌柄基部剪下或摘下。
2、剪下芝体后的剩余菌柄亦应摘除，否则很快从老柄上方长出朵形很小或畸形芝体。第一批子实体采收后，不久会出现第二批芝体，依短段直径大小不同，可收灵芝2～3年。袋栽和瓶栽灵芝的采收加工与段木栽培灵芝相同。
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